Fisabio, IBV i Hospital General d’Alacant seqüencien el 88% de les mostres del Consorci SeqCOVID–España
La informació obtinguda és útil per a saber si la transmissió és local o comunitària o identificar esdeveniments de superdispersió
L’equip d’investigació del Servei de Seqüenciació de la Fundació per al Foment de la Investigació Sanitària i Biomèdica (Fisabio) porta analitzades des que va començar la pandèmia 6.500 mostres de pacients diagnosticats de la COVID 19 procedents de quasi mig centenar d’hospitals de referència de tota la geografia nacional.
Persones expertes de l’Institut de Biomedicina de València (IBV–CSIC) i de l’Hospital General d’Alacant també estan seqüenciant el genoma del virus. En total, la Comunitat Valenciana porta analitzat el 88% de totes les mostres que s’estudien en tota Espanya en el marc del Consorci SeqCOVID–España per a seguir la transmissió i el moviment del virus a escala nacional, així com per a conéixer les seues variants.
El monitoratge del virus comença amb la presa de l’exsudat nasofaringi del/la pacient, que segueix dos camins. El més conegut és el diagnòstic de si la persona té o no la COVID 19, però un percentatge prou representatiu d’aquestes mostres viatja també fins als laboratoris de seqüenciació massiva.
Aquest viatge s’emmarca en el projecte SeqCOVID, liderat per l’investigador Iñaki Comas, de l’IBV–CSIC, juntament amb l’investigador Fernando González Candelas, responsable de la Unitat Mixta Infecció i Salut Pública Fisabio-Universitat de València.
«Anem llegint el genoma del virus en xicotets fragments i després, gràcies al maneig d’eines bioinformàtiques per part de Giuseppe D’Auria, els ajuntem com si fora un puzle. A partir del genoma complet, reconstruïm l‘‘arbre genealògic’ del virus. Sabent el grau de parentiu dels virus dels diferents pacients, podem conéixer si tenen un origen comú«, explica Paula Ruiz, SARS–CoV-2 project manager en el Servei de Seqüenciació de la fundació Fisabio, que dirigeix Llúcia Martínez Priego.
Aquesta seqüenciació genòmica, combinada amb informació epidemiològica (els contactes de la persona infectada o per on s’ha mogut, per exemple), és capaç de proveir d’informació valuosa a les autoritats de Salut Pública perquè puguen adoptar mesures de control de la transmissió del virus.
Es tracta d’informació útil, per exemple, per a saber si la transmissió del coronavirus és local o comunitària, identificar esdeveniments de superdispersió (aquells on la majoria de gent no transmet el virus, però uns pocs infectats són capaços de contagiar a un gran nombre de persones), rastrejar la ruta que està seguint el virus, com està mutant o si les noves variants poden comprometre l’eficàcia de les vacunes.
